Para ilmuwan di Fakultas Kedokteran Albert Einstein Yeshiva University
telah mengembangkan suatu analisa genom desktop dan peramban yang
memungkinkan ahli biologi untuk cepat dan mudah menganalisa
highi-throughput data mereka. Perangkat lunak open source, yang disebut
GenPlay, diuraikan dalam edisi 19 Mei online Bioinformatics.Saat ini,
data genom dianalisis terutama oleh spesialis IT daripada oleh ahli
biologi yang merancang percobaan yang menghasilkan data. GenPlay
diciptakan dengan tujuan menawarkan ahli biologi alat yang dapat
membantu mereka memvisualisasikan, menganalisis dan mengubah data mentah
mereka menjadi trek yang relevan secara biologis.“Genom manusia pertama diurutkan 10 tahun lalu oleh sebuah konsorsium internasional dengan biaya sebesar $ 7 miliar,” catatan co-developer GenPlay Eric Bouhassira, Ph.D., penulis senior dari artikel Bioinformatika, profesor kedokteran dan biologi sel, dan Ingeborg dan Ira Rennert Profesor Leon Stem Biologi dan Regenerative Medicine di Einstein.”Tapi hari ini, genom lengkap dapat diurutkan untuk kurang dari $ 10.000 dan biaya yang diperkirakan turun menjadi kurang dari $ 1.000 dalam beberapa tahun. Penurunan dramatis dalam biaya telah menyebabkan terciptanya ‘ledakan’ data baru yang dialami ahli biologi dalam menganalisis masalah biologi. GenPlay ini dimaksudkan untuk memudahkan bagi ahli biologi untuk memahami data mereka”
Selusin atau browser genom sehingga saat ini tersedia. GenPlay menawarkan keuntungan besar atas yang lain, kata Dr Bouhassira, karena “membiarkan ahli biologi menekankan mengontrol data mereka sendiri dengan menyediakan umpan balik visual terus-menerus bersama-sama dengan perambancepat pada setiap titik keputusan selama analisis.”
GenPlay menangani tiga jenis utama data: data dari studi ekspresi gen, data epigenetik, dan data single nucleotide polymorphism (SNP) . Perangkat lunak GenPlay gratis tersedia di: http://www.genplay.net
Penulis utama dari Bioinformatika kertas Julien Lajugie, MS, asosiasi di departemen kedokteran Einstein, yang ikut mengembangkan GenPlay dan menulis program GenPlay. Proyek ini didanai oleh New York State Stem Cell Science.
from: netsains.com
0 comments:
Post a Comment