Mengapa warna kuning telur berbeda-beda kalau direbus ?

Pernahkan teman-teman memperhatikan pada saat kita merebus telur. Kalau kita merebus sebentar dan kuning telur belum mengeras, warna kuning telur masih tetap tidak berubah. Tetapi apabila kita merebus kelamaan sampai kuning telur mengeras warnanya menjadi abu-abu atau hijau. Semakin lama merebus maka perubahan warna semakin banyak. Ayo dicoba aja !!
Tahukah kenapa kuning telur bisa berubah warnanya ?
Warna kuning telur berubah menjadi abu-abu atau hijau karena adanya persenyawaan besi dan belerang saat telur matang. Kuning telur mengandung 85 kali lebih banyak zat besi daripada putih telur. Kandungan sulfur pada putih telur sedikit lebih banyak pada kuning telur. Pada saat telur direbus, putih telur bereaksi melepaskan banyak H2S (Hidrogen Sulfida) yang kemudian bereaksi dengan zat besi membentuk ferro sulfida. Reaksi ini mengakibatkan adanya perubahan warna pada permukaan kuning telur menjadi abu-abu atau kehijauan. Semakin lama direbus semakin banyak dan tebal terjadi perubahan warna permukaan kuning telur. Meskipun begitu, perubahan warna ini tidak berbahaya dan tidak merubah rasa maupun nilai gizi dari telur.
Agar tidak berubah warna, jangan merebus telur terlalu lama di air panas, dan setelah direbus, rendamlah telur tersebut di air dingin atau air es agar proses pemasakan kuning telur tidak terus berlangsung.

Sumber: duniasains.com

Mari Belajar Molecular Docking!

TUTORIAL DOCKING



-  Bahan

Bahan merupakan data struktur X-Ray kompleks protein yang diunduh dari protein data base (www.pdb.org) dengan kode akses EQC serta koleksi data base ligan (small molecule) yang akan berfungsi sebagai inhibitor.

-  Alat
Peralatan yang digunakan yaitu perangkat keras berupa Notebook dengan spesifikasi processor Pentium Dual-Core 1,6 GHz dengan RAM 1Gb. S, flashdisk 2 G dan perangkat lunak berupa program ChemDraw, ChemDraw 3D, OpenBabeIGUI untuk menggambar senyawa ligan dan konversi ke dalam bentuk format *.pdb,  PyMOL dan Discovery Studio Visualizer 1.5 untuk menampilkan struktur 3D protein, dan menggunakan Autodock Tools, Autodock Vina dan Autodock4 untuk molecular docking.

ü  Docking menggunakan Autodock4

• Persiapan ligan

Pada tahap persiapan ligan dengan tahapan sebagai berikut:

1. Menggambar struktur 2D senyawa menggunakan program ChemDraw 2D
2. Kemudian diubah menjadi bentuk 3D dengan menggunakan software ChemDraw 3D lalu save ke dalam format *.mol
3. Buka software OpenBabeIGUI. (didownload dari http://OpenBabel.sourforge.net)
4. Ubah format *.mol ke dalam bentuk format *.pdb
5. Dibuka program Autodock Tools
6. Kemudian Klik Ligand → Input → Open kemudian pilih file *.pdb (misal nama ligan A.pdb).
7. Klik Edit → Hydrogen → add, kemudian pilih Polar Only, pilih noBonderOrder (for pdb file) pada Methods dan pilih yes pada Renumber atoms to include hydrogens.
8. Klik Ok.
9. Klik Ligand → Torsion Tree → Chose Torsion kemudian Klik Done.

10.  Klik Ligand → Torsion Tree → Set Number of Torsion kemudian Klik Dismiss.
11.  Kemudian Klik Ligand → Output → Save as PDBQT.

• Persiapan makromolekul

Pada tahap persiapan makromolekul dilakukan menggunakan program Autodock Tools. Protein yang digunakan diperoleh dari hasil pemodelan pada tahap penelitian sebelumnya. Tahapan persiapan makromolekul dilakukan dengan tahapan sebagai berikut:

1. Klik File → Read Molecule kemudian pilih file pdb struktur protein dari hasil pemodelan pada penelitian sebelumnya.
2. Klik Edit → Hydrogens → Add kemudian dipilih All Hydrogens, noBondOrder pada Method dan pilih Yes pada Renumber atoms to include kemudian Klik OK.
3. Klik Edit → Hydrogens → Merge Nonpolar.
4. Klik Grid → Macromolecule → Choose dipilih protein yang akan di docking.
5. Kemudian program akan menginstruksikan untuk menyimpan file pdbqt struktur protein.

• Autogrid

Tahap Autogrid merupakan tahapan penentuan parameter yang digunakan untuk docking yang meliputi ukuran grid box dan posisi grid box. Tahapan Autogrid dilakukan sebagai berikut :

1. Klik Grid → Grid Box kemudian dipilih number of point in X, Y dan Z sesuai dengan ukuran sisi aktif protein, Spacing (angstrom) 1.000, dan diletakkan Center Grid Box untuk x centre, y centre, dan z centre pada sisi aktif makromolekul.
2. Kemudian Klik File → Close Saving Current.
3. Kemudian Klik Grid → Output → Save GPF.
4. Klik Grid → Edit GPF→ OK.
5. Klik Run (pada start program) → ketik cmd.exe → OK.
6. Dituliskan pada layar script yang bertujuan untuk masuk ke folder yang berisi file bentuk GPF, ligan  dan makromolekul dalam bentuk pdbqt dengan script :

cd (spasi)[nama file][enter]
dir [enter]

1. Kemudian tahap autogrid dilakukan dengan script sebagai berikut:

Autogrid4(spasi)–p(spasi)[nama file].gpf(spasi)–l(spasi)[nama file].glg(spasi)&[enter]

• Autodock

Pada tahap Autodock merupakan proses docking yang dilakukan dengan tahapan sebagai berikut :

1. Klik Docking → Macromolecule → Set Rigid File Name kemudian dipilih file macromolecule.
2. Klik Docking → Ligand → Chose kemudian dipilih ligan.
3. Klik Docking → Search Parameters → Genetic Algorithm → Accept.
4. Klik Docking → Docking Parameters → Accept.
5. Klik Docking → Output → Lamarckian GA (42) kemudian save file DPF.
6. Klik Edit DPF → Ok.
7. Kemudian tahap running docking dilakukan dengan menulis script sebagai berikut :

Autodock4(spasi)–p(spasi)[nama file].dpf(spasi)–l(spasi)[nama file].dlg(spasi)&[enter]

ü  Docking menggunakan Autodock vina

• Persiapan ligan

Pada tahap persiapan ligan dilakukan menggunakan program Autodock Tools. Ligan yang digunakan diperoleh dari data base ligan (small molecule). Tahapan persiapan ligan dilakukan dengan tahapan sebagai berikut:

1. Dibuka program Autodock Tools
2. Klik Ligand → Input → Open kemudian pilih file .pdb
3. Klik Edit → Hydrogens → add, kemudian dipilih Polar Only, dipilih noBonderOrder (for pdb file) pada Method dan pilih yes pada Renumber atoms to include hydrogens.
4. Klik Ok.
5. Klik Ligand → Torsion Tree → Chose Torsion kemudian Klik Done.
6. Klik Ligand → Torsion Tree → Set Number of Torsion kemudian Klik Dismiss.
7. Klik Ligand → Output → Save as PDBQT.

• Persiapan makromolekul

Pada tahap persiapan makromolekul dilakukan menggunakan program Autodock Tools. Protein yang digunakan diperoleh dari hasil pemodelan pada tahap penelitian sebelumnya. Tahapan persiapan makromolekul dilakukan dengan tahapan sebagai berikut:

1. Klik File → Read Molecule kemudian pilih file pdb struktur protein dari hasil pemodelan pada penelitian sebelumnya.
2. Klik Edit → Hydrogens →Add kemudian dipilih All Hydrogens, noBondOrder pada Method dan dipilih Yes pada Renumber atoms to include kemudian Klik OK.
3. Klik Edit → hydrogens →Merge Nonpolar.
4. Klik Grid → Macromolecule→ Choose dipilih protein yang akan di docking.
5. Kemudian program akan menginstruksikan untuk menyimpan file pdbqt struktur protein yang telah dipilih.

• Persiapan parameter grid

Tahap Autogrid merupakan tahapan penentuan parameter yang digunakan untuk docking yang meliputi ukuran grid box dan posisi grid box. Tahapan Autogrid dilakukan sebagai berikut :

1. Klik Grid → Grid Box kemudian dipilih number of point in x, y dan z sesuai dengan ukuran sisi aktif protein, Spacing (angstrom) 1.000, dan Center Grid Box untuk X, Y, dan Z pada sisi aktif makromolekul.
2. Kemudian dicatat ukuran Grid Box X, Y, Z dan Center Grid Box untuk x center, y center, dan z center .
3. Kemudian dibuat file txt dengan menggunakan notepad yang berisi data sebagai berikut :

receptor = [nama file].pdbqt
ligand = [nama file].pdbqt

out = all.pdbqt

center_x = [diisi dengan angka]
center_y = [diisi dengan angka]
center_z = [diisi dengan angka]

size_x = [diisi dengan angka]
size_y = [diisi dengan angka]
size_z = [diisi dengan angka]

• Docking Autodock vina

Docking Autodock vina dilakukan dengan menggunakan script sebagai berikut :
“\Program Files\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe”(spasi)--config(spasi)[nama file].txt(spasi)--log(spasi)[nama file]_out.log(spasi)&[enter]

• Analisis hasil docking

Analisis dilakukan dengan menggunakan program Autodock Tools untuk mengetahui interaksi ligan denga sisi aktif protein serta untuk menganalisis energy binding dari hasil docking menggunakan Autodock4 dan vina.

Sumber: netsains.com

Teh Hijau Bantu Cegah Alzheimer

Minum teh hijau secara teratur setiap hari dapat membantu melindungi otak untuk melawan perkembangan penyakit Alzheimer maupun penyakit ingatan lainnya, berdasarkan riset terbaru yang dilakukan oleh peneliti dari Newcastle University.
Studi yang dipimpin oleh Dr. Ed Okello ini ingin mengetahui sifat proteksi dari teh hijau –yang   selama ini ditinjau dari berbagai senyawa yang dikandungnya sebelum dicerna tubuh— yang tetap memiliki senyawa aktif yang baik bagi kesehatan saat dicerna tubuh. Hasil penelitian mereka telah dipublikasikan dalam jurnal Phytomedicine.
“Hal yang sangat menarik yang dapat diketahui dari studi ini adalah bahwa kami menemukan teh hijau dicerna oleh enzim di dalam usus, dimana senyawa kimia yang dihasilkannya jauh lebih efektif untuk melawan pemicu utama perkembangan Alzheimer dibandingkan dengan senyawa yang belum tercerna tubuh,” jelas Dr. Okello yang merupakan lulusan School of Agriculture, Food and Rural Development di Newcastle University. “Sebagai tambahan, senyawa aktif hasil pencernaan ini juga dapat mengurangi ukuran sel tumor kanker secara signifikan, berdasarkan eksperimen yang telah kami lakukan.”
Dua senyawa yang ditengarai merupakan pemicu utama Alzheimer adalah hidrogen peroksida dan suatu protein yang disebut beta-amiloid. Berdasarkan studi sebelumnya telah diketahui bahwa baik teh hijau maupun teh hitam mengandung polifenol yang bersifat antioksidan kuat serta mampu mengikat bahan-bahan beracun, melindungi sel-sel otak, dan memiliki karakter neuroprotektif (melindungi sel syaraf).
Pencernaan polifenol di dalam tubuh dapat menghasilkan berbagai jenis senyawa kimia yang lebih aktif dalam memperkuat ketahanan sel, termasuk dalam melawan sel kanker dan mencegah kerusakan sel.
Teh hijau telah berabad-abad digunakan sebagai pengobatan tradisional China yang dipercaya dapat meredam berbagai penyakit. Anggapan tersebut telah mendapatkan banyak bukti ilmiah dewasa ini. Hasil studi ini juga semakin memperkuat anggapan bahwa meminum teh hijau secara teratur merupakan salah satu gaya hidup sehat yang dapat mencegah berbagai jenis kanker dan penyakit lupa ingatan.

Sumber: netsains.com

PROGRAM BEASISWA CIMB NIAGA 2011 (S1 OVERSEAS)

PT Bank CIMB Niaga Tbk (“CIMB Niaga”) bersama CIMB Group, pemegang saham mayoritas CIMB Niaga di Malaysia, menyelenggarakan Program Beasiswa CIMB Niaga yang diberikan kepada para pelajar SMA di seluruh Indonesia untuk melanjutkan pendidikan S1 di Universitas di Malaysia.
Program beasiswa ini sebagai bagian dari tanggung jawab perusahaan guna mendukung pengembangan dunia pendidikan di Indonesia serta untuk memperoleh karyawan yang handal dan berkualitas di bidangnya.
Program beasiswa dibuka mulai tanggal 9 April 2011 yang dipublikasikan melalui media and CIMB Niaga website www.cimbniaga.com dan akan ditutup pada tanggal 14 Mei 2011.
Beasiswa ini diberikan kepada Warga Negara Indonesia (WNI), pelajar SMA dan/atau sederajat di seluruh Indonesia yang baru saja menyelesaikan studinya (fresh graduate tahun 2011), memiliki nilai akademis yang memuaskan (lulus Ujian Akhir Sekolah dan Ujian Negara dengan total nilai rata-rata min 8.00), tidak memiliki kesempatan untuk melanjutkan pendidikan tinggi dan tidak sedang terikat dengan Program Beasiswa lainnya.
Persyaratannya adalah mengisi Formulir Pendaftaran secara on line e-registration dengan melampirkan data sebagai berikut (data di up load) sbb:
1. Hasil Ujian Nasional (UN) min 8.00 (bila belum memiliki hasil UN bisa mengirimkan Rapor 3 semester terakhir).
2. Hasil prestasi kegiatan akademis dan non akademis (Sertifikat)
3. Kartu Identitas (Paspor dan KTP / SIM / Kartu Pelajar)
4. Kartu Keluarga
5. Akte Kelahiran
6. Surat Keterangan dari Sekolah mengenai : Keterangan kelakuan baik, prestasi dan status ekonomi siswa, dll.
7. Photo (Berwarna ukuran 3x4)
Program studi yang ditawarkan meliputi:
Faculty of Business & Accounting:
o Accounting
o Business Administration
Faculty of Economics :
o Economics
Faculty of Engineering :
o Civil Engineering
o Mechanical
o Electrical
o Telecommunication
Faculty of Computer Science & Information Technology : o Computer science - Computer networking and system
o Computer science - Management Information System
o Information Technology - Management
Faculty of Science :
o Mathematics, Statistic, Industrial & Computational Mathematics
Program beasiswa ini merupakan full scholarship yang diberikan meliputi:
1. Biaya pendaftaran kuliah dan Biaya Pendidikan
2. Asuransi Kesehatan
3. Dormitory
4. Biaya hidup
5. Tunjangan Buku dan Internet
6. Transportasi (tiket pesawat) 1x (kepulangan setiap akhir kenaikan tingkat)
7. Laptop & Printer
8. Biaya penelitian (penulisan skripsi)
9. Biaya selama Proses Seleksi dan Legal Document (Visa dan Passport)
Untuk keterangan lebih lanjut, silahkan menghubungi :
Corporate Affairs PT Bank CIMB Niaga Tbk
Telp. : (021) 250-5151
Fax   : (021) 252-6749
PIC   : - Luh Nindityawati (Juty) di ext. 34010
           - Tupon Setiawan di ext 34009
Email : juty@cimbniaga.co.id / tupon.setiawan@cimbniaga.co.id

Kolam Surya untuk Pembangkit Listrik

Kita tentu pernah merasakan panasnya aspal atau pelataran beton ketika memijakkan kaki telanjang pada saat matahari terik, dan tahu bahwa panas berasal dari pancaran matahari. Tetapi mungkin belum tahu, apakah dapat memanfaatkan panas tersebut untuk menyediakan energi? Pasti akan berguna, bukankah tenaga sang surya itu gratis kita terima?
Garam
Kendala yang dihadapi, panas tidaklah jauh merasuki aspal atau beton. Beberapa sentimeter di bawah permukaan tidak terasa menyengat lagi. Kalau begitu bagaimana bisa menyediakan dan membagikan energi itu keluar? Orangpun menengok air, yang tampaknya lumayan baik menampung energi matahari, terbukti dari hangatnya air kolam di pekarangan.
Tetapi ada masalah. Air yang panas akan memuai, menjadi lebih renggang dibandingkan yang dingin. Karena merenggang, berat jenisnya turun, sehingga air yang terpanggang matahari akan mengapung, berada di atas air yang lebih dingin. Dan energi panas itupun disia-siakan, karena permukaan air berhadapan dengan udara yang relatif sejuk. Panaspun dengan mudah diserahkan kepada udara, apalagi jika ada angin bertiup.
Sebagai hasilnya, air di dekat dasar kolam tidak kunjung menjadi panas. Pancaran surya hanya sempat dipetik oleh bagian atas, sudah itu dibuang ke udara.
Tetapi ilmuwan tidak kekurangan akal. Ke dalam air kolam ditambahkan garam. Telah diketahui bahwa air yang panas lebih mampu melarutkan garam ketimbang air yang dingin. Mirip dengan gula yang ditambahkan ke dalam air teh. Gula cepat larut jika tehnya panas, sedangkan jika tehnya dingin, tumpukan gula tampak awet di dasar gelas.
Jadi garam mudah larut dalam air kolam yang panas. Karena air panas ini sekarang mengandung garam, berat jenisnya naik sehingga tidak lagi ringan, malahan akan turun ke bawah. Sebaliknya air yang dingin akan sedikit saja mengandung garam, menjadi ringan dan mengisi tempat di atas. Dengan demikian panas dari air tidak diobral ke udara, karena bagian yang panas sekarang terjebak dekat dasar kolam. Terbentuklah situasi yang berbeda dari sehari-hari, sekarang air dingin di atas dan air panas di bawah.
Supaya penangkapan energinya tinggi, dasar kolam dilapis bahan yang menyerap pancaran matahari. Sebagai hasilnya, air di bawah dapat mencapai suhu beberapa puluh derajat Celsius! Ini dia penyedia energi yang relatif mudah dan murah, disebut kolam surya (solar pond).
Generator
Namun proses pemanfaatan tenaga surya belum tuntas. Panas perlu diubah ke dalam listrik. Contohnya pada Pembangkit Listrik Tenaga Uap (PLTU), air digodok oleh api batu bara atau BBM sehingga menjadi uap sangat panas. Uap yang suhu (dan tekanannya) tinggi itu dibiarkan memutar turbin yang dihubungkan dengan generator. Listrikpun dihasilkan.
Buat ukuran PLTU, suhu kolam surya tentu sangat rendah. Namun peneliti sudah menemukan fluida kerja yang cocok, yaitu cairan yang sudah menguap pada suhu di sekitar 60 derajat Celsius. Dengan demikian uap cairan bisa dihasilkan oleh kolam surya, untuk kemudian memutar turbin.
Memang dengan suhu rendah, daya listriknya tidak tinggi. Kolam surya di Israel misalnya, mempunyai luas 7000 meter persegi, air dekat dasar mencapai 90 derajat Celsius dan daya listrik yang dihasilkan 150 kW. Tapi yang menarik adalah kesederhanaannya, relatif ekonomis, sehingga cocok untuk wilayah-wilayah dengan fasilitas terbatas tapi kaya akan pancaran matahari.

Sumber: netsains.com